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赤道鱿钩位于赤道附近的水域。具体来说，赤道鱿钩主要分布在赤道附近的大洋深水区域，如太平洋赤道附近的马里亚纳海沟和马里亚纳海脊，以及大西洋赤道附近的傅尔凯克海山和东太平洋海山链。这些地区的水深可以达到几千米甚至更深，是赤道鱿钩的主要栖息地。
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